Die Wurzeln stehen mit der Nährlösung in direktem Kontakt, es handelt sich hier um sogenannte Wasserwurzeln (i.G. Substratwurzeln). Das Substrat bei Hydrokultur (= Füllsubstrat) bietet den Pflanzen in erster Linie Halt. Blähton (hauptsächlich verwendet, ist auch oberflächenaktiv), Basaltsplitt, Granitsplitt, Kies kommen als Hydrokultursubstrat in Frage. Die Umstellung von Erdkulturen auf Hydrokulturen ist aufgrund der unterschiedlichen Wurzeln problematisch.